Ekonominių tyrimų centrą (ETC) įkūrė grupė ekonomistų, 1990-1991 metais kartu dirbusių Ekonomikos ministerijos Ekonominės strategijos ir reformų departamente.

1991-1992 metais ETC veikė kaip Lietuvos Pramonininkų asociacijos padalinys. ETC įkūrimo iniciatoriumi ir pirmuoju vadovu buvo dr. Eugenijus Maldeikis, 2000-2004 m. Lietuvos Respublikos Seimo narys.

ETC savo veiklą pradėjo parengdamas ir išleisdamas ekonominės reformos korekcijos ir radikalizacijos programą „Kapitalo Lietuva: sprendimų technologija”, kurios dauguma idėjų buvo įgyvendintos Lietuvos ekonomikos reformos eigoje.

1992 metais buvo įregistruota savarankiška privati viešoji įstaiga „Ekonominių tyrimų centras”,  kuri veikia kaip mokslinė institucija, atliekanti tyrimus ir originalius projektus, ir konsultacinė įmonė, dirbanti su Lietuvos ir užsienio įmonėmis, įstaigomis ir organizacijomis.

ETC yra vienas iš Lietuvos verslo konsultantų asociacijos steigėjų.
Nuo 2002 m. - asociacijos „Žinių ekonomikos forumas” narys.

ETC yra įtrauktas į PHARE/TACIS Centrinį konsultacinį registrą (Nr. LIT-20756).